明治43年（1910）
阿里山鐵路於殖產局時期在嘉義專設「阿里山作業所」官制，負責開發阿里山森林及阿里山林業鐵路的管理事項。
大正4年（1915）
林務機關職掌範圍擴大，增加營林所，職責是公營採伐、造林、林產處分和販賣，同時阿里山作業所於此時也改隸屬於營林局，改名為「阿里山出張所」。
大正8年（1919）
改名為營林局「嘉義出張所」。
昭和1年至昭和17年（1926~1942）
營林所嘉義出張所(林業)及臺灣拓植株式會社(鐵路)，二戰後移交中華民國政府。
昭和19年（1944）
臺南州嘉義山林事務所(林業)及臺灣拓植株式會社(鐵路)。
民國34年（1945）
10月25日國民政府接收臺灣，「臺灣省行政長官公署」於農林處下設「林務局」，接收臺灣總督府林政營林等業務，將全臺劃為10個林政區域，設置臺北、羅東、新竹、臺中、埔里、嘉義、臺南、高雄、臺東、花蓮等山林管理所，下設分所，另設4個模範林場，併成立林業試驗所3所分掌業務。其中「阿里山林場」和台南山林管理所，後合併改制成為林務局玉山分署。
民國36年（1947）
5月16日，「臺灣省行政長官公署」改制為「臺灣省政府」，同年（1947）5月30日臺灣省政府令將原臺灣省行政長官公署農林處下林務局改為林產管理局。
民國36年（1947）
6月16日，臺灣省政府正式成立「臺灣省政府農林處林產管理局」，由唐振緒擔任署長。
民國38年（1949）
12月，臺灣省政府將所屬農林處改為「農林廳」。
民國49年（1960）
2月林產管理局改制為「林務局」。
民國78年（1989）
民國78年以前，阿里山林業鐵路隸屬於「臺灣省政府農林廳林務局玉山分署」，玉山分署轄下有運務、工務兩課，運務課直轄有15個車站，3座車庫；工務課直轄3個監工區，一座修理工廠。
民國78年（1989）
7月1日起改制為公務機關，玉山分署與楠濃分署一部份合併，改名為「臺灣省政府農林廳林務局嘉義分署」，分別設置林政課、治山課、作業課、育樂課、行政室、森林鐵路管理課。森林鐵路管理課設土木、運務、機務、材料四股，負責管理鐵路事務。
民國88年（1999）
配合精省作業，農民廳改隸行政院農業委員會，並改名為「行政院農業委員會林務局嘉義林區管理處」，至民國102年（2013）為止，由「鐵路管理課」管理鐵路全線作業。
民國95年（2006）
行政院同意辦理森林鐵路提供民間投資經營，林務局委託民間機構宏都阿里山國際開發股份有限公司營運。
民國99年（2010）
3月因受莫拉克風災後，該公司未能提具完整的全線復建計畫，違反契約約定，考量政府及社會大眾之最大利益，爰終止BOT案。林務局收回自營，逐步辦理阿里山林業鐵路復建工程及復駛作業。
民國102年（2013）
依據行政院指示，林務局及臺鐵局簽訂行政契約，委請臺鐵局協助營運，至107年6月30日止。
民國106年（2017）
行政院衡酌文資保存、產權及人力需求等層面，同意林務局成立專責單位為最適方案。
民國107年（2018）
成立鐵路專責機構為「行政院農業委員會林務局阿里山林業鐵路及文化資產管理處」。
民國112年(2023)
因應組織再造，改隸更名為「農業部林業及自然保育署阿里山林業鐵路及文化資產管理處」。